Die erste Kirche ist im 12. Jahrhundert zusammen mit der Johanniter-Komturei, dem heutigen Pfarrhaus, gebaut worden. Davon zeugt noch der spätromanische Glockenturm, der offensichtlich aufgestockt worden ist. Die Komturei war eine wichtige Filiale der Johanniter. Bis zum Jahr 1528 lebten und arbeiteten die Johanniter hier in Thunstetten und gaben ihr Wissen weiter, so dass die ganze Umgebung davon profitierte. 1528 war das Jahr, in dem im Kanton Bern die Reformation durchgeführt und die Klöster aufgehoben wurden. Damit war das Ende der Johanniter-Komturei in Thunstetten besiegelt.
Die heutige Kirche wurde im Jahre 1745 gebaut. Sie trägt die Züge des damaligen Baustils, nämlich des Barock. 1931 wurde die Kirche gründlich renoviert, und es wurde eine elektrische Heizung eingebaut. Erst 1936 wurde auf der Westseite über dem Haupteingang der überdachte Vorbau erstellt. Ursprünglich hatte das Kirchenschiff eine Gipsdecke. Sie wurde durch eine Holzdecke ersetzt. Auch eine Portlaube wurde eingebaut. Bemerkenswert ist die Rundung der Empore.